Chaque année l'APNP a pour mission d'organiser avec un centre organisateur un congrès qui se compose d'un séminaire et de deux journées nationales. Cette action a pour objectif de favoriser les échanges et le partage des travaux entre les divers professionnels de néphrologie et de dialyse pédiatrique. La valeur ajoutée à ce rassemblement au delà de l'actualisation des connaissances et la richesse de la pluridisciplinarité est bien le renforcement du réseau national et international.